Из источников известно, что школа основана в 1895 году. Это было двухэтажное маленькое здание – одна из первых школ в Уфе. В годы гражданской войны школа была стоянкой для Красных войск. С установлением Советской власти в г. Уфе помещение было отремонтировано и занятия возобновились. В 1926 году школа стала неполной средней. В ней было 8 начальных классов и 8 средних. За всю историю школы номера ее неоднократно менялись: 13,19,59,3,95 в связи с тем, что она передавалась из одного ведомства в другое. В 1960 году школа получила новое трехэтажное здание. Школа № 95 распахнула свои двери для учеников 05.10.1960 года. С тех времен тысячи учеников окончили школу и, став специалистами в самых разных областях, разлетелись по всей стране.